2285年，在(✒)与(yǔ )可汗的(📒)战斗(dòu )中损坏的联邦星(xīng )舰进取号，返回了地球的太(tài )(🆖)空港以(yǐ )进行维修。柯克(🥩)还(hái )在为斯(sī )波(bō )(🌫)克的死感(🎏)到悲(bēi )伤(shāng )。麦(mài )科伊(yī )医生出现了(le )种(👑)种异(🤷)常(🗄)的行(háng )为(wéi )(🕖)：如擅自闯入被封锁(🚉)的斯(sī )波克原(yuán )来的舱房、胡言乱(luàn )语等，最后他被送(sòng )进了(😱)医院进(jìn )行(háng )精神(shén )检(jiǎn )查(📎)。斯(🚣)科提被另(📯)分派到(⏯)了联(🖲)邦星舰精(jīng )进(jìn )(🌑)号。星际舰队(duì )(💻)指挥部(bù )(📙) 对新(🐑)形(🏂)成的创世(shì )星下(㊙)达(dá )(👓)了禁(jìn )入令(lìng )。柯克(🈴)被(🍄)告知(🥫)，进取号即将除役。
　　斯波克的父亲沙瑞克找到柯(🈁)克(kè )并告诉他，斯波克的遗体必须(xū )返回瓦肯星，否则(zé )他(tā )的灵魂(🌪)就(jiù )不得安(ān )息。沙(💯)瑞克(kè )要求柯克必须(xū )回到(dào )创(chuàng )世星(🤥)，寻回斯波(bō )克的遗(🔷)棺并(♌)将它带回(huí )瓦肯星——而(ér )斯波克(kè )临死前与(🖍)麦科伊进(🚡)行(🌸)了心灵(líng )融合，因此带(dài )有(yǒu )斯(sī )波克灵魂的麦科伊也(yě )必须前(qián )往瓦肯星(xīng )(✖)。
　(⛴)　可是(shì )(💁)，星际(jì )(🧥)舰(🔮)队拒绝(jué )(🐈)让陈旧的进(💕)取号离开太(🖱)空(💛)港。从医院出来后听闻(wén )消息的麦科伊，企图招(zhāo )募一艘飞船回(huí )到创世星(xīng )。在与人争吵(chǎo )时他(tā )被逮捕，但这并没有(yǒu )(⏭)影(yǐng )响到整个计划：在柯克、斯(sī )科(🖥)特、苏鲁(lǔ )、乌乎(🎆)拉和切科夫(🍂)的帮(bāng )助下(xià )(🍐)麦(mài )科(kē )伊(🌮)顺(👎)利逃脱，并(🏓)一同登上(🃏)了(🛫)被(bèi )(📛)废弃的进取号。为(🤙)了(le )避免被追(🤫)击，斯科(kē )提还破坏了(le )精(🆕)进号的(de )引擎。六名伙(huǒ )伴冒着(zhe )毁(🐊)掉毕生事业(❣)的风险，驾驶进取号航向创世(shì )星。
　　其间，克(📩)林贡人得知(📧)了创(chuàng )(🚹)世(🚄)计(jì )划(🐎)和(😍)创(🏥)世星的消息。由于(yú )担心联(👂)邦将(jiāng )其改(gǎi )造(🎅)为(wéi )(🚰)一种新式武器，克鲁格(🛳)船长率领(🌔)一艘(💱)克林贡猛禽战舰，去夺取或摧毁这(🏁)一战略(luè )性的(de )武器。
　　在联邦星(🧗)舰葛瑞(ruì )(🤮)森号上，戴维·马(🔝)库(kù )斯博士与莎维(wéi )(🗒)可上尉在创世星的(de )(📜)轨道上(shàng )进(🚩)行(háng )(🦋)着科学观(♈)测(🔡)。他们很快(kuài )便在(⏭)地面上发(🔷)现(xiàn )(👮)了(💽)生命形(xíng )式，出(chū )于好奇心的驱使(🛀)，他(tā )们俩传送上了星球(🈴)表面并发现了斯(sī )波克空荡的遗(yí )(🦇)棺。循(👵)着生(shēng )命形式的读数，他们发现了幼年斯波克(kè )的活体：成(chéng )长速度奇快，但却(🎷)没有意识或(📰)灵魂。
　　克(kè )(🛹)林贡(gòng )人在(zài )此时也(yě )抵达了创(🔦)世(shì )星(xīng )，他们(🧜)摧毁(huǐ )(🚊)了(le )(🍺)葛瑞(🚲)森号(hào )并抓获莎(shā )维(wéi )可、马库斯和少(shǎo )(👆)年(🥐)的斯波(bō )克作为人质。不(bú )(💺)一会，进取号(📃)也抵达穆(😿)塔拉(🙃)星区（(🕙)Mutara Sector），很快(kuài )就被克鲁(lǔ )格与他的(de )一群克林贡战士攻(⚡)击到瘫痪(🐇)。由于(🧛)克林(lín )贡人威胁(😍)将(♟)夺(✒)去(qù )(🧦)人质的生命(😾)，柯(kē )克使用(yòng )了一个计谋来(🖐)重新掌(❎)控(🐥)局势，但(dàn )并(bìng )未成功(gōng )。戴维·马库(kù )斯随后被克林(lín )贡人杀(😐)害。由于(🚽)没有其(qí )他(tā )(✝)的选择(zé )，柯(kē )克(kè )只得向克林贡(gòng )人(☔)投降(jiàng )。柯克为了重(chóng )新占据上(shàng )风，冒(🔣)死一搏启动了(🛠)进取(qǔ )号的自(🍟)毁(huǐ )程序(🏞)。进取(🦑)号(🤼)的船员随后传(😣)送上了(le )创(🚥)世星，目睹着(zhe )进取号在一(yī )片亮光(🌕)中毁(㊗)灭，同时(shí )(🚣)也捎(shāo )带(dài )(♎)上了(le )克鲁格(gé )大部分的战士。
　　柯(kē )克最终(zhōng )与(yǔ )他的团队从克林贡(gòng )人手(😚)中营救了斯(sī )波克(kè )与莎维可(kě )，并在与克(kè )鲁格的一对一(yī )战斗中杀死了他。由于创世星独特的(🛹)力量，斯波(bō )克的遗(🗂)体(🕣)得(🍉)以重生，并随着(zhe )创世星衰老的速度迅速地成(chéng )长。在离开不(bú )稳定的(🈳)创世星时，斯波(bō )克(👀)刚好达到死亡前(💭)的(de )(📖)年(🔜)龄。在登上夺(🎠)来(lái )的猛(✒)禽舰(🖲)时，创世(😯)星开始了剧烈的爆(bào )炸。
　　(🛬)在(🏘)沙瑞(ruì )克的(de )庇护(hù )下，猛禽(qín )舰抵达了瓦(wǎ )肯星。在经历了危险的“浮图邦术”仪(🌎)式后，斯波克的(🤫)灵魂(🔦)离开了麦科伊的意(🐢)识回(huí )到了自己(🐪)的身体中。仪(⛲)式最终成功，复活(🐗)的(✂)斯波克(kè )开始(🕖)重新回忆他的过去与朋(🌆)友。他问进取(🏽)号(🙄)的船员(💿)们(men )，为什么要冒着失去生(🏡)命与毁掉事业的危险营救他；柯(kē )克告(😡)诉他，有些时候需要“牺(xī )牲小(🌤)我，成全大我”。