21世纪初，人类(lèi )将多数(shù )人留(liú )在被哥斯拉蹂躏(🕟)的地球上，仅使被选中的(de )人们乘上恒星(xīng )间移(🏴)民(🗼)船·阿(ā )拉(😧)特拉姆(🌫)，前往能够移(🌗)居(jū )的“约定之(zhī )地(⚫)·τ星e”。但(dàn )(🗄)这一(yī )计(🕖)划(🕯)失败，人(rén )类只得(🛹)再度(🏐)返回地球。而长距离亚空(🍮)间(jiān )航行所引发(🚑)的时(shí )(🥀)空歪曲，导致(zhì )人类(⏺)回到的地方变成了(le )“两万年后的地(dì )球”。在这个(gè )地球(qiú )，主人公·晴男(nán )等人在遭受(🤸)哥斯拉袭(xí )击的同时(shí )，与(⏰)埃克西弗、比尔沙(🔔)尔(🚻)德两(🕙)种族(😍)的异星人共(gòng )同实行(🕐)谋(móu )划了20年的“对哥斯拉战术”，通(tōng )(🏉)过殊(🍑)死战(zhàn )斗(dòu )成(chéng )功(gōng )击倒了哥斯拉(🐛)。
　　但喜悦并未持续多久，深(shēn )藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地(🥤)球(🔷)”现(xiàn )身了。两万年间持续成长生存、(👄)身高(gāo )(🆙)300米、质(zhì )量(liàng )(📞)超过10万吨(dūn )，在进化(huà )成这种姿(zī )态的(🐂)超巨大哥斯拉压(yā )倒性的破(🕺)坏(huài )力(🎴)面前，晴(🍹)男等人落花流(liú )水。
　　拯救了晴(qíng )男的(💛)是被视为(wéi )人类的(de )(💨)残(cán )存(cún )者“弗(fú )图亚”之(zhī )民，米(👆)亚娜。弗图亚是他们在这(🏖)个地球(🍈)首(shǒu )次(🏗)遇(yù )到的人(🈺)型(♟)生命种族。他们(men )会是人(🤠)类的子孙吗——。“弗(fú )图(tú )亚的(🌲)神也被哥(🎇)斯拉击(🦄)破，如今只剩(shèng )下卵(luǎn )。挑战(👎)者、抗争者，全(🤳)部被(bèi )火焰(yàn )吞噬(😛)而消失了”面对这样的(📒)他们(men )，晴(🍆)男回(💍)应道“这是以人类的(🛒)双手夺回(huí )地球的(de )最后机会了”。
　　另一方面，比尔沙尔德的(🚬)指挥官(guān )·加尔格，注(zhù )意到(💙)弗图(📧)亚使(shǐ )用(🚄)的箭头是由(🤯)“自律思(sī )考金属体·纳米(mǐ )金属(shǔ )(🌻)”所制造(zào )(💻)而欢(huān )喜(xǐ )(🏚)。这和21世纪他们在富(🍢)士(shì )山(🌛)麓作(zuò )为“对哥斯拉决战兵器”所(🏁)开发、在启动(dòng )前遭(😀)到(🔄)破坏(huài )的“机械(🐺)哥斯(🥏)拉(🕳)”由同(🐁)种物(wù )质所构成(chéng )。这正(zhèng )是当时(😇)的(de )开(🥖)发设(🐩)备(bèi )至今仍然(👑)残存的(💦)证明(🍀)——。