第二集中(zhōng )，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没(🎹)有能(🥈)从(cóng )内部摧毁“母体(🐮)”，他(tā )的身(📿)体(tǐ )在真实(🎲)世界的飞船(chuán )(♑)上陷于(yú )昏迷，思想(🔸)却被困在(zài )介(🛍)于(yú )“母体”和真(✳)实世界(jiè )的中间地带，这个(🎿)地方(🥞)由“火车人”控制(🖍)。墨菲斯(🕕)（(🤯)劳伦斯·菲什伯(🚢)恩(ēn )(🌙) Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯(kǎi )瑞(ruì )(🐑)-安·莫(mò )斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了(le )尼(🏯)奥(ào )(🤳)的(🎋)情况，在(zài )守护(🧣)天使(shǐ )的带领下， 找到(💝)了(le )“火车人(🍑)”的(🛎)控制者(zhě )梅罗纹(wén )奇，经过一(yī )番激(jī )斗，将尼奥救了出(chū )来。
　　此(cǐ )时，电子(zǐ )乌(🤥)贼部(📛)队对锡安发起了猛(♌)烈(💸)的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽(wán )强的抵抗，形(xíng )势(🏓)危在旦夕；尼奥和(hé )崔妮蒂驾驶(shǐ )了(le )一艘(🛃)飞船(chuán )克服(💅)重重困难，到(💑)达机器城市(shì )，尼(🏸)奥终于见到(dào )了机器世界(🔬)的(🍯)统(tǒng )治(🌲)者“机(🚪)器大帝(dì )”，双方谈(tán )判并达(dá )成了(🙅)协议：尼奥除掉(diào )不受“母体”控制的(🐣)史密(mì )斯，以换取(qǔ )锡安的(de )和平(píng )。
　　在“母体”中，尼奥(ào )和史密斯展开了(📸)关(🌲)系人(rén )(👅)类生(🎇)死(🎆)存亡的最后(🍂)决斗。