第二(èr )集中，尼奥（基努·里(🏽)维斯 Keanu Reeves 饰(🔧)）没有能(néng )从内部(bù )(🌰)摧毁“母(mǔ )体”，他的(🎾)身体在(👋)真实世(shì )界(jiè )(❣)的飞船上(shàng )(📼)陷于(🚤)昏(🖲)迷(mí )，思想却被困在介(jiè )(🛍)于“母体”和真实世界的中间地带(🕌)，这个(🎿)地方(fāng )由(yóu )“火车人”控(🚸)制。墨菲斯(sī )（劳伦(🐖)斯·菲什伯恩(🌙) Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫(mò )(🤸)斯 Carrie-Anne Moss 饰(shì )）等(⛳)人知道(👺)了(le )尼(ní )(🏯)奥(ào )的情(🥕)况，在守护天使的带领下， 找(zhǎo )(❕)到(dào )了(le )“火车人”的控制(zhì )者(🐾)梅(🦇)罗纹(🈸)奇，经过一番激(jī )(👪)斗，将尼奥救了出(chū )来。
　　此时，电(🔍)子乌贼部队对锡安发(🥤)起了猛(měng )烈(💸)的攻击，人(🔞)类组织所有机甲(🌱)战(👄)士(shì )展开顽(🔫)强的(🔥)抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂(dì )驾(🍺)驶了一艘飞船克服重重困难，到达机(😉)器城市，尼(ní )奥终于见到(dào )了机器(🈳)世界的统治者“机器大帝”，双(😲)方谈判并达(💨)成了协议：尼(🕵)奥除掉不受“母体”控制的(de )史密斯，以换取锡(xī )(🍈)安(ān )的和平(píng )。
　　(♈)在“母体”中(zhōng )(🖥)，尼奥和史密(🕤)斯展开了关系人类生死(sǐ )存亡(wáng )(🦄)的(🔂)最后决斗。