第二集(👷)中，尼(ní )奥（基努·里维(🐌)斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧(🍖)毁“母体”，他的身(📿)体在(zài )真实世(shì )界的飞船上(📼)陷于昏迷，思想(xiǎng )却(👑)被(🎩)困(🤷)在介于“母体(tǐ )”和真(✳)实世(shì )界的中间地带(🕌)，这个地(dì )方由“火车人(🙁)”控制。墨菲斯(sī )（(🤯)劳(😱)伦斯(sī )·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和(hé )崔(🗞)妮(🙂)蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知(💠)道了尼奥的情(qíng )况(🕐)，在(zài )守护天使的带领(lǐng )下， 找(zhǎo )到了(💹)“火(huǒ )车人”的控制者梅罗纹奇，经过一(⛏)番激斗(🥋)，将尼奥(ào )救了出来。
　　此(cǐ )时(shí )，电子乌贼部(bù )队(duì )对锡安发起了(le )猛(měng )(♌)烈的(🥅)攻击，人类组织所有机甲(jiǎ )战士(🐖)展开顽强的(de )抵(🚡)抗(kàng )，形势(shì )危在旦(dàn )夕；尼奥(😳)和崔妮蒂驾(🍺)驶(shǐ )了一艘飞(fēi )船克服(fú )重重困难，到达(dá )机器城市，尼奥终于(🈺)见到了机(👅)器世(🐈)界(jiè )的(de )(🍯)统(🔍)治者(💕)“机器大帝”，双方谈判并(bìng )(✒)达(dá )成了(le )(🙅)协议(yì )：尼奥除掉(📯)不受“母体”控(🗒)制的史密斯，以换(🍝)取(🐸)锡安(🕌)的和(hé )平。
　　在“母体”中(🖥)，尼奥和(👧)史密(mì )斯(⛱)展开了关系人类(🏒)生死(🎆)存亡的(de )(🔂)最后决斗(dòu )。