位于东京西部(bù )的巨大“学园(yuán )都(dōu )市”。在(zài )总人口达230万人，其(qí )中约8成是(shì )学(🐉)生的这(zhè )座都(🏴)市中，实施(😧)着超能力开发的(de )特(❣)殊(🌗)课(🏇)程(♑)，学生们(men )的能力被给(gěi )予从“无(wú )能力Level 0”到(dào )“超(chāo )(🚥)能力Level 5”的六(liù )(🙁)阶段(🚸)评价。
　(🔊)　(💞)高(⏺)中(🚢)生(🌙)上条(tiáo )当麻(🔩)，也是住在学园都(dōu )市(shì )(🔢)的(de )学生之一。他由(yóu )于隐藏(🗞)在右手中的力量——只(zhī )要(yào )(🙄)是(㊙)异(👓)能之(🙉)力(💪)，就连(lián )神的(de )加护都能消除的(🚻)“幻(🕙)想(⛳)杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙(🥊)山(🍑)的(de )“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条(🔈)的学生(💿)生(🎥)活，由于暑(shǔ )假开始时从天而降的纯(chún )白修女(nǚ )而发(fā )生了巨大(dà )的变(biàn )化。自从与逃离“魔法”世(🚡)界(🌸)的(de )她(⏳)——“禁书目录(🕕)茵(yīn )蒂(dì )克(kè )丝”相遇开始(shǐ )，上条就被(bèi )卷(🤼)入了各种各样的事(shì )件中。统率学园都市的“科学”方、与茵(yīn )蒂克丝关联(🖱)的“魔法”方，在惊险地(🛃)解(jiě )决双方事件的过程中(zhōng )，他(🍉)的(de )(🗒)人际关系也(yě )逐步(🏖)扩展。之后(🏗)，魔法一方(fāng )(♟)的十字教最大宗派(pài )罗马正(🐑)教，终于(👡)注意到上条的(🖥)存在(🌲)……(👅)。
　　如同呼应魔法(🌮)方一般，科(kē )学(🏓)方的学(🔡)园都市(shì )也有所(🏺)动(dòng )作。但(➿)也有(💘)与(yǔ )逐渐开始对立的(de )世界(jiè )(🌄)动(🔭)向抗争(zhēng )的人不断出(🤟)现。那些通过与(yǔ )上条有所关联(lián )，而使命运大为改变的“英雄”们(men )。
　　他们(🙋)挺身而出与世界(🐣)对峙(zhì )。如同上条当麻做(⏫)过的(de )那(nà )样。
　　科学与魔(🏚)法第(🈶)三次(cì )交织(🛳)之时，故事(shì )将大幅推进！！