位于东京(jīng )西部的巨大“学园都市”。在总人口达(🕸)230万(wàn )人，其中(zhōng )约(yuē )8成是学(xué )生的这座都市中，实施着超(📿)能(🌫)力(lì )开(⏬)发的特殊(🌗)课程(♑)，学生(🚤)们的(de )能力被给予从“无能力Level 0”到“超(🚥)能(néng )(🐖)力Level 5”的六阶段评价(jià )。
　　高(⏺)中生(🌙)上(shàng )条当(dāng )(🚣)麻(🔩)，也(yě )是(shì )住在学园都(dōu )市的(❔)学生(🦗)之一。他(tā )由于(🥔)隐藏在右手中(✋)的(🐑)力(🏂)量(🙌)——只(zhī )要(yào )(🙄)是(shì )异能(🙀)之力，就连(⏰)神的加护(hù )都能(👃)消除的(de )(🚻)“幻(huàn )(🕙)想杀手Imagine Breaker”，而(ér )被(🈁)评价为名落孙山的(👊)“无(wú )能力”，过着充(🏻)满不(🌹)幸的人(👪)生(shēng )(🥋)。
　　而上条的学生(💿)生活(huó )，由(yóu )于暑假(jiǎ )开(kāi )始时(📛)从天而(ér )降(jiàng )的(de )纯(🔷)白(bái )修女而发生了巨大(dà )的变(📐)化(huà )。自从(cóng )(🌱)与(👄)逃离(lí )“魔法(💣)”世界(🌸)的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始(👚)，上条就(jiù )被卷入(❓)了(le )各种各(gè )样的(😉)事件中(zhōng )。统率(❄)学(💁)园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联(lián )的“魔法(fǎ )”方，在(💨)惊(🈸)险地解(🛌)决双(🕵)方(🎞)事件的过程(👆)中，他的(de )人际关系也逐(zhú )步扩(🍝)展。之(🕌)后，魔(mó )法一方的十字(zì )教最大宗派罗马正教，终于注(zhù )意到上条的(de )存(cún )在(🌲)……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也(yě )(🏫)有所动作。但也有与(🥖)逐渐开(kāi )始对立的世界动向抗争的人不断出现(🏫)。那些通过与上条有所关(guān )联(❣)，而使(🔘)命运大为改变(biàn )(🚞)的“英(yīng )雄(🎆)”们。
　　他们挺身而(ér )出与世界对(🚹)峙。如同上条当麻(🍑)做过(guò )的那样。
　　科学(xué )与魔法第三次交织之(zhī )时(shí )，故(gù )事将大幅推进！！